1962 yılında Ankara’da doğdu. İlk öğretimini Sivas, Orta öğretimini Ankara’da tamamladı. 1985’de Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesini bitirdi. 1993 yılında Yüzüncü Yıl Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Felsefe ve Din Bilimleri Bölümü’ne Dinler Tarihi araştırma görevlisi olarak katıldı. Aynı üniversitenin Sosyal Bilimler Enstitüsü’nde yaptığı Mitsel Bilgi ve Öğretimi başlıklı teziyle yüksek lisansını (1995), Selçuk Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü’nde yaptığı Gelenekselci Yaklaşımlar ve Dinsel Gerçekliğin Doğası başlıklı teziyle de doktorasını (2002) verdi. 2008 yılında Doçent, 2014 yılında Profesör oldu. Halen kadrosu Yüzüncü Yıl Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Dinler Tarihi Anabilim Dalı’nda olan Hüseyin Yılmaz evli ve üç çocuk babasıdır.