İki kutuplu dünyada Sovyetlerin, Batı ile girdiği rekabet ve bu rekabette silahlanmaya ayırmak durumunda kaldığı bütçe 1980'li yıllarda gelindiğinde artık ekonomik çöküşün sinyallerini vermeye başladı. Bu da sonuç olarak Sovyetlerin dağılmasına doğru gidiyordu.
1985 yılında Mihail Gorbaçov'un başkanı olması ve aldığı yeni tedbirler de bu süreci durdurmak bir yana, Gorbaçov’un açıklık (glasnost) ve yeniden yapılandırma (perestroyka) politikaları, siyasal, sosyal ve ekonomik bazı hakların verilmesini içerdiğinden bir bakıma parçalanmayı hızlandırmış oldu.
Bütün görüşlerin rahatça ifade edildiği bu ortamdan hoşlanmayan bazı generallerle politbüro üyelerinin Gorbaçov'a darbe girişimi parçalanmayı daha da hızlandırdı.
Birlik üyelerinden Aralık 1991 yılında bir araya gelen Belarus, Ukrayna ve Rusya başkanları 1991 Aralığında bir araya gelerek Sovyetler Birliğini fes ettiler ve bunun yerine Bağımsız Devletler Topluluğu'nu kurdular.
Sovyetler'in dağılması süreci, sınır güvenliği açısından Çin Halk Cumhuriyetini rahatsız ettiğinden, Çin, Orta Asya'da yeni kurulan cumhuriyetler ile diyaloglara başladı. Amacı sınır bölgelerinde güvenlik ve istikrarı sağlamak idi.
Öte yandan Çin, ekonomisinin hızlı büyümesi, buna bağlı olarak petrole olan gitgide artan ihtiyacı sonucunda 1993’den itibaren Rusya ve Kazakistan ile petrol boru hattı konusunda anlaşmalar imzalamaya başladı.
İşte Şangay beşlisinin kurulması bu girişimlerin neticesidir. Sovyetlerin dağılmasının ardından henüz 5 yıl geçmişti ki, Çin Halk Cumhuriyeti’nin öncülüğünde, Rusya, Kazakistan, Kırgızistan ve Tacikistan'ın 1996 yılında Şangay şehrinde toplanarak Şanghay Paktı adı altında bir ittifak oluşturdu. İttifak, Şanghay Beşlisi olarak anılmaya başladı.
Sovyetlerin dağılmasının ardından iki kutuplu dünyanın tek kutupluluğa dönüşmeye başlaması Çini de rahatsız etmiş, Nisan 1996'da ilk Şanghay görüşmelerinde Rus-Çin stratejik ortaklığının temelleri atılmaya başlatmıştı. Nitekim bundan bir yıl sonra 1997'de iki ülke arasında imzalanan bir ortak bildiri ile dünyada çok kutupluluğun desteklenmesi fikri ifade edilmişti.
Şangay Beşlisi, bu anlamda bu çok kutupluluk vurgusunun ürünüdür.
2001'de Özbekistan'ın katılımıyla üye sayısı altıya çıktı ve bu ittifak Şangay İşbirliği Örgütüne dönüştü.
Örgüt 2005 yılında ABD’nin Orta Asya’daki askeri varlığına son verme çağrısında bulundu. Bunun sonucunda Özbekistan’daki ABD askerleri ülkeyi terk etti.
Örgütün ilk ortak askeri tatbikatı Ağustos 2007'de Rusya'nın Ural Dağları'nda 'Barış Misyonu 2007' adıyla gerçekleştirdi.
Türkiye 2012'de, Şangay İşbirliği Örgütüne (ŞİÖ) Diyalog ortağı olarak katıldı.
Hindistan, İran, Moğolistan ve Pakistan da örgütte önce gözlemci olarak yer almışlar, bunlardan Hindistan ve Pakistan için 2015 yılında üyelik süreci başlamıştır. 2017 Astana Zirvesinde tam üye olmaları bekleniyor.Bu üyeliğin gerçekleşmesiyle örgüt dünya nüfusunun % 40’ını temsil etmiş olacak. Azerbaycan, Ermenistan, Kamboçya ve Nepal’in de örgüte üye olacağı öngörülmektedir. Bu durum dikkate alındığında Örgüt, Doğu’da tek kutuplu dünya anlayışına itiraz eden, ABD’ye karşı oluşturulmuş yeni bir ittifak görünümündedir.
Örgütün temel mücadele alanları ayrılıkçılık, terörizm ve aşırılıkçılıktır. Hal böyle olunca örgütte güvenlik konusunda işbirliği bir hedef olarak ortaya çıkmaktadır. Bu hedefin gerçekleşmesi için Örgüt bünyesinde 2004'te Bölgesel Anti terörizm Yapısı (RATS) kuruldu.
Bunun yanı sıra yapılan ortak askeri tatbikatlara katılan ülke sayısının artması ile örgütün askeri ittifak işlevi vurgulanır hale gelmekle beraber, örgütün NATO gibi bir askeri gücü yok.
Şangay Örgütü, birçok diğer örgüt gibi, ekonomik işbirliğini de hedefleri arasına aldı
Üye ülkeler arasında 2003 yılında ekonomik işbirliğini öngören bir çerçeve anlaşması imzalandı. Bu kapsamda uzun vadede bir serbest ticaret bölgesi oluşturulması da amaçlanıyor.
ŞİÖ’nün 2005 Moskova Zirvesinde ise enerji işbirliği vurgulandı. Bu konudaki ortak projelerin finansmanı için, birçok örgütte olduğu gibi bir ortak banka kurulması kararlaştırıldı. Örgüte üye ülkelerin dünyanın gaz rezervlerinin % 40’ına, petrol üretiminin % 24 üne sahip olmaları, örgütün dünya enerji pazarı açısından ifade ettiği anlamın göstergesidir.