Avrupa'da her ilerleme Kilise ile çatışarak gerçekleşmedi. Mesela; Kopernikus'a asıl karşı çıkan, hatta onunla alay eden Kilise değil, Kilise'ye başkaldıran Luther olmuştur. Luther, İncil'in lafzı yorumuna ters düştüğü gerekçesiyle Copernicus teorisine, yani dünyanın evrenin merkezi olmadığı ve güneşin çevresinde döndüğü görüşüne şiddetle muhalefet etmiştir. Tamam; çoğu kimse Galile örneğini veriyor, ama yargının ondan delil getirmesini istediğini unutuyor. Ki modern bilimle çatışan, selefi anlayışa temel oluşturan «sola scriptura» ilkesi, Kilise'nin kendi bünyesinde kurduğu yüksek okullarda yetişen alimler, yani tenkit müessesesi sayesinde aşılabilmiştir. Medrese müfredatından; - matematik ve astronomi alanında gösterilen üstün başarılara rağmen - fizikle ilgili konular çıkarılırken, Kilise okullarında 'Doğa Felsefesi'ne duyulan ilgi hızla artıyordu. O nedenledir ki Newton başyapıtının ismini ''Doğa Felsefesinin Matematiksel İlkeleri'' olarak bilinçli seçmiştir.